حددت المحكمة الجزائية المتخصصة 8 قضايا للنظر فيها بمجلسها القضائي وتمس الأمن الوطني للمملكة وتتعلق بالإرهاب، وهي: الانتماء لجماعات أو تنظيمات إرهابية، تمويل الأعمال والمنظمات الإرهابية، اعتناق المنهج التكفيري المخالف للكتاب والسنة، المساس بالنظام العام عن طريق الشبكة المعلوماتية، انتهاج منهج الخوارج في الجهاد، «الذي لا يشترط فيه إذن ولي الأمر ولا رأيه»، تمويل أو تزعم المظاهرات أو الدعوة إليها أو التحريض عليها، تهريب أو حيازة أو شراء أو بيع الأسلحة والذخائر والقنابل بقصد الإخلال بالأمن الداخلي، التجسس لصالح دول أخرى ضد المملكة، وفق ما حمله التقرير السنوي الخاص بالمحكمة الجزائية المتخصصة للنصف الأول من عام1435ه، حيث بين أن مهام المحكمة تتمثل في النظر في قضايا الموقوفين في قضايا الإرهاب والأمن الوطني، ويكون النظر في قضايا هذه الفئة شاملا كل ما يتعلق بالجرائم المنسوبة لهم والمرتبطة والمتلازمة مع جرائم الأمن الوطني، ولو كانت بعض الجرائم من اختصاص جهة قضائية أخرى وذلك ضمانا لوحدة النظر القضائي. يذكر أن إجمالي القضايا التي نظرتها المحكمة الجزائية المتخصصة منذ تاريخ إنشائها في 1/11/1429ه وحتى تاريخ 29/6/1435ه، 1773 قضية وصل عدد المتهمين بها 5463 متهما، فيما لا تزال 195 قضية قيد النظر، حيث يحاكم فيها 1479 متهما،كما بلغ عدد القضايا المنتهية 1176 قضية تشتمل على 1152 قضية بتصديق محكمة الاستئناف الجزائية المتخصصة و24 بقناعة المدعى عليه وعدم اعتراض المدعي العام، وبلغ عدد المحكوم عليهم المنتهية قضاياهم 2141 مدانا، فيما بلغت القضايا التي انقضت من محكمة الاستئناف المتخصصة 96 قضية وعدد المحكوم عليهم المنقوضة قضاياهم 267 شخصا، فيما بلغ عدد الأحكام الابتدائية الصادرة خلال نفسه الفترة 1578 حكما وعدد المحكوم عليهم فيها 3984 متهما، وعدد المتهمين الذين وكلوا محامين 2086 متهما، وبلغت الجلسات القضائية التي عقدتها المحكمة الجزائية المتخصصة التي تشتمل على جلسات توجه لائحة الدعوى والإجابة عليها وجلسات التداول وعرض الأدلة ومناقشتها وحتى جلسة النطق بالحكم 19373 جلسة قضائية. وطيلة الست سنوات الماضية من أعمال المحكمة الجزائية المتخصصة بلغ عدد القضايا التي تراجع فيها القاضي عن حكمه بسبب نقله من المحكمة 7 قضايا فقط، فيما بلغ عدد القضايا التي أعيدت لعدم الاختصاص أو صرف النظر عنها ثلاث قضايا فقط.
