كشفت لوائح وأنظمة تنظيم هيئات تطوير المناطق والمدن، أنه سيكون للهيئة ميزانية سنوية مستقلة، تعد وتصدر وفقاً لترتيبات إصدار الميزانية العامة للدولة. بعد أن تعد الهيئة مشروع الميزانية السنوية على أساس تقدير الإيرادات والمصروفات المتوقعة. وألزمت اللوائح كل هيئة برفع حسابها الختامي السنوي إلى مجلس الوزراء خلال 90 يوماً من تاريخ انتهاء السنة المالية، ويزود ديوان المراقبة العامة بنسخة منه. وأكدت اللوائح الجديدة أن هذا التنظيم يسري على الهيئات التالية: هيئة تطوير منطقة مكةالمكرمة، هيئة تطوير منطقة المدينةالمنورة، هيئة تطوير مدينة الرياض، هيئة تطوير منطقة حائل، هيئة تطوير المنطقة الشرقية، هيئة تطوير منطقة عسير، وأي هيئة تنشأ مستقبلاً، ما لم تنص أداة إنشائها على غير ذلك. وتتولى الإدارة المختصة في كل هيئة إعداد تعليمات التحضير لمشروع الميزانية بحسب الفترات المحددة في التعليمات الواردة من وزارة المالية، وعلى أساس تقدير إيرادات الهيئة ومصروفاتها، وتزود بها جميع القطاعات والإدارات وتبدي ملحوظاتها عليها -إن وجدت- وتناقش ويُرد على استفساراتها، وذلك لإدراج المشروعات والبرامج في مشروع الميزانية السنوية لاعتماده من الرئيس التنفيذي وعرضه على اللجنة، تمهيداً لرفعه إلى المجلس للموافقة عليه. وتخصص بنود الميزانية بعد اعتمادها وتسلمها من وزارة المالية. يجوز التعديل على إجمالي مخصصات الميزانية بالزيادة أو التخفيض وفقاً للضوابط المحددة لذلك بما فيها تعليمات تنفيذ الميزانية. ويجب التأكد من وجود اعتمادات مالية في ميزانية الهيئة قبل إنشاء أي التزام مالي عليها، وأن يكون الالتزام أو الارتباط بالصرف في حدود المخصصات المعتمدة في الميزانية السنوية للبند المخصص. وفي حال بدأت السنة المالية الجديدة والميزانية لم تعتمد يستمر العمل بالميزانية السابقة بقرار من الرئيس التنفيذي، وفقاً للتعليمات المتبعة. وتعد الإدارة المالية تقارير ربع سنوية توضح المبالغ المرتبط بها والمناقلات التي تمت والمبالغ المصروفة ورصيد كل بند من بنود الميزانية، وتعرضها على الرئيس التنفيذي. مع عدم الإخلال بحق ديوان المراقبة العامة في الرقابة على حسابات الهيئة، يعين المجلس مراجع حسابات خارجياً (أو أكثر) من الأشخاص ذوي الصفة الطبيعية أو الصفة الاعتبارية المرخص لهم بالعمل في المملكة، ويحدد أتعابه. ويُرفع تقرير مراجع الحسابات إلى اللجنة ومن ثم ترفعه إلى المجلس مصحوباً بملحوظاتها إن وجدت، ويزود ديوان المراقبة العامة بنسخة منه بعد إقراره من المجلس. وأوضحت اللوائح التنظيمية مصادر موارد الهيئة من الآتي: الاعتمادات المالية التي تخصص لها في الميزانية العامة للدولة، الدخل الذي تحصل عليه من عائد استثماراتها، التبرعات والمنح والهبات والوصايا، إذ أنه يحق للهيئة - بموافقة المجلس - قبول التبرعات والهبات والأوقاف والوصايا والمنح المطلقة والمقيدة منها تحت أي اسم، مع مراعاة القواعد التي تنظم وتحكم الرقابة على تلقي الجهات الحكومية تبرعات عينية أو نقدية، عائدات أوقافها وفقاً للقواعد التي يضعها المجلس، أي مورد آخر يقره المجلس، بما لا يخالف الأنظمة والتعليمات. وتودع الهيئة إيراداتها في حساب جار، وزارة المالية في مؤسسة النقد العربي السعودي. وتُدفع المبالغ التي تستحق على الهيئة بعد استكمال الإجراءات واستيفاء المستندات المؤيدة اللازمة لإجراء الصرف، ويكون الصرف بشيكات أو اعتمادات مستندية أو حوالات مصرفية أو وفقاً لأنظمة التسديد والتحويل من خلال العهد والسلف النقدية المستديمة أو المؤقتة وذلك باعتماد الصرف من الرئيس التنفيذي أو من يفوضه، ومن مدير الإدارة المالية. يكون تحصيل الأموال المستحقة للهيئة لدى الغير آلياً عن طريق النظام الآلي «سداد» أو بشيكات مصدقة من أحد البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة أو بحوالات مصرفية، وذلك بموجب إيصالات تسلم في حالة التحصيل في مقر الهيئة، على أن يراعى أن تقيد في دفاتر إيصالات التسلم عهدة على الموظف المختص بالتحصيل. ويعمل مدير الإدارة المالية بمتابعة أرصدة حسابات الهيئة مرة على الأقل كل شهر، وتحرير محضر بذلك، ورفع صورة من المحضر للرئيس التنفيذي.
