في الوقت الذي ألزم النظام الجديد بسلخ القضاء الجزائي من ديوان المظالم إلى القضاء العام، فرضت آلية العمل التنفيذية للمحاكم الجزائية إحالة القضايا المنظورة لدى القضاء العام إلى المحاكم الجزائية المتخصصة. وطبقاً لتقرير حديث للمعهد العالي للقضاء التابع لجامعة الإمام لعام 1433- حصلت "الوطن" على نسخة منه- فإن الآلية التنفيذية للمحاكم الجزائية التي تزامنت مع نظام القضاء الحديث ألزمت بإحالة القضايا التي تختص بنظرها المحاكم الجزائية الموجودة لدى المحاكم العامة - شريطة عدم ضبطها- إلى المحاكم الجزائية التي تقع في نطاق اختصاصها المكاني، على أن تكون الإحالة عند مباشرتها اختصاص المحاكم الجزائية، إضافة إلى إيجاد تنسيق بين رئيسي المحكمتين وفق ترتيبات يضعها المجلس الأعلى للقضاء. وأشارت الآلية إلى إحالة القضايا الجزائية وسجلاتها التي ما زالت تحت النظر من الدوائر الجزائية ودوائر التدقيق الجزائية في ديوان المظالم إلى "المحاكم الجزائية المختصة"، فضلاً عن انتقال السجلات والأوراق وملفات القضايا الجزائية السابقة المنتهية لدى الديوان إلى المحاكم الجزائية. وألزمت المواد والبنود الحديثة وجود تنسيق بين المجلس الأعلى للقضاء ومجلس القضاء الإداري عند انتقال تلك السجلات بين المحكمتين مع مراعاة الاختصاص المكاني في الانتقال، فيما أناطت الآلية بالمجلس الأعلى للقضاء مسؤولية تحديد فترة انتقالية لتباشرالمحاكم الجزائية اختصاصاتها وذلك عقب تعديل نظامي المرافعات الشرعية والإجراءات، كما أوضحت استمرار المحاكم العامة في نظر القضايا القائمة التي ضبطتها لديها حتى الحكم فيها، وإحاطة وزارة العدل بما تم من ترتيبات في هذا الخصوص. ونصت الآلية أيضاً، على تأليف المحكمة الجزائية عبر دوائر متخصصة تشمل دوائر قضايا القصاص والحدود، ودوائر القضايا التعزيرية، ودوائر قضايا الأحداث، فيما ألزم النظام القضاء الحديث بتشكيل كل دائرة من 3 قضاة باستثناء القضايا التي يحددها المجلس الأعلى والتي يتكفل في النظر بها قاض واحد. يذكر أن الآليات الحديثة فرضت استحداث عدد كاف من وظائف السلك القضائي للمحاكم الجزائية، وذلك في أول سنة مالية تالية لنفاذ نظام القضاء، إضافة إلى تحديد العدد المناسب من القضاء للعمل في كل محكمة جزائية، كذلك تخصيص عدد من القضاة العاملين حالياً في المحاكم العامة والمحاكم الجزائية للعمل في المحاكم الجزائية عند مباشرتها اختصاصاتها مع مراعاة حجم العمل في المحكمتين.
