خلال مراحل إنشاء الموقع والمتجر الإلكتروني يعتبر التصميم من أصعبها وأكثرها تعقيدا، حيث يتقاطع العمل هنا مع عدة أفراد وبتخصصات مختلفة منهم المصمم والمبرمج والمطور ومدير المحتوى فلكل منهم طريقة تفكير ورؤية وأسلوب عمل ومتطلبات تختلف بشكل كبير عن الآخر، وكثيرا ما يحتاج الموضوع إلى تنسيق وربط بينهم، وهو من الموضوعات المهمة التي في الغالب تستغرق وقتا طويلا ضمن مشروع إنشاء الموقع أو المتجر (إذا افترضنا أنشاءه من الصفر وليس شراءه بشكل جاهز أو شبة جاهز) وذلك لما لموضوع التصميم أهمية في الوصول إلى مظهر مميز وجذاب للزائر، وأن يفي بمتطلبات محركات البحث ليظهر في النهاية بأعلى قائمة نتائج البحث، حيث يبدأ مشروع التصميم بمرحلة هندسة المعلومات التي تساعد في التعبير عن هيكل الموقع ويتم خلالها إعداد التصميم الهندسي الأولي للموقع (Website wireframe) الذي يعرض لنا هيكل الصفحات وكيفية التنقل والإبحار داخل الموقع والمسار الذي يسلكه الزائر أي أنه بمثابة التصميم المرئي الذي يظهر الإطار أو الهيكل العام لصفحات الموقع، وبعد ذلك يتم عمل التصميم الفني المقترح المتوافق مع هوية المنظمة وألوانها وما يتعلق ب(Look and Feel) أيضا نوع الخط وحجمه والمسافة بين الكلمات والسطور، وبعدها يمكن عمل نموذج مبدئي على الحاسب الآلي لتجربة استخدام الموقع أو المتجر أو التطبيق الإلكتروني كما هو عند تصميم المجمعات السكنية والمباني أو كما يطلق عليه بمصطلح نمذجة البرمجيات. ثم يتم إضافة المحتوى النصي والصور والفيديوهات والملفات وعمل النماذج الإلكترونية مع الانتباه لمقاساتها وجودتها ومناسبتها لهوية المنظمة، أيضا تدقيق المحتوى النصي بحيث يقوم شخص آخر متخصص غير الكاتب بمراجعة الصياغة وتعديل الأخطاء الإملائية والنحوية (Proofreader)، وينبغي الانتباه عند وضع المحتوى بأن يتضمن على الكلمات المفتاحية المهمة وذلك بغرض تهيئتها لمحركات البحث (SEO) وكذلك القيام بربط الموقع بأدوات التحليل مثل جوجل أناليتكس. ومن الأمور المهمة في جانب تصميم الموقع والمتجر والتطبيق الإلكتروني أن يكون المظهر العام سهلا وبسيطا لا يحتاج إلى شرح (Self-Explanatory) كذلك أيقونة القيام بالفعل (CTA) يتم عرضها بشكل واضح بالإضافة إلى طريقة تقديم المعلومات أن تكون بشكل مترابط ومتناسق، كما من الضروري أن يكون الموقع متوافق مع استخدام جميع الأجهزة الذكية بحيث يتكيف على حسب مقاس شاشة الجهاز وبالذات مع جهاز الجوال (Mobile-friendly) كونه الأعلى استخدام عند زيارة المواقع والمتاجر الإلكترونية عبر ما يطلق عليه "تجاوب ظهور الموقع مع حجم شاشة الزائر" (Responsive). كما يمكن من خلال برمجة الموقع إخفاء بعض الصفحات والعناصر غير المهمة في الموقع الإلكتروني عند عرضها عبر جهاز الجوال وذلك لأن الزائر متصفح الموقع من الجوال لدية تجربة مستخدم مختلفة وفي الغالب يحتاج لبعض المعلومات المحدودة بشكل سريع ويرغب من خلال النقر على أيقونات الموقع إما القيام بعملية الاتصال الصوتي بشكل مباشر أو النقر والوصول لحسابات المنظمة في وسائل التواصل الاجتماعي أو النقر وتعبئة نموذج أو النقر والوصول للموقع الجغرافي للمنظمة عبر خريطة غوغل وغيرها العديد من الأمور والمميزات التي يطلق عليها (On The Go).
