حددت اللائحة التنفيذية لنظام المؤسسات الصحية التي سيبدأ العمل بها بعد ثلاثة أشهر عقوبات للمخالفين تتلخص في غرامات مالية وإيقاف الحصول على التراخيص اللازمة لمزاولة النشاط. وبحسب اللائحة (حصلت عليها «الحياة»)، فإن هناك خمس عقوبات لمخالفات فتح مؤسسة صحية خاصة من دون الحصول على التراخيص اللازمة لمزوالة النشاط، وشملت العقوبات إغلاق المؤسسة والحرمان من الحصول على ترخيص لمدة لا تقل عن ستة أشهر ولا تزيد على سنتين من تاريخ الإغلاق، وغرامة مالية بقيمة 10 آلاف ريال ولا تزيد على 30 ألفاً في حال مراكز الخدمة الصحية المساندة، وفي حال افتتاح مختبرات ومراكز الأشعة ومراكز النقل الإسعافي من دون تراخيص فإن الغرامات تبدأ من 30 ألفاً ولا تزيد على 100 ألف ريال. وفي حال افتتاح العيادات والمجمعات الطبية ومراكز جراحة اليوم الواحد من دون الحصول على التراخيص فإن الغرامات المالية لا تقل عن 50 ألف ريال ولا تزيد علي 150 ألفاً، وفي حال افتتاح مستشفى من دون الحصول على التراخيص اللازمة فان العقوبات تبدأ بغرامات مالية لا تقل عن 100 ألف ريال ولا تزيد على 300 ألف. وتضمن اللائحة عقوبات إضافية هي: غرامة مالية لا تقل عن 10 آلاف ريال ولا تزيد على 100 ألف، وإغلاق المؤسسة الصحية الخاصة لمدة لا تزيد على 60 يوماً (وعلى المؤسسة اتخاذ الترتيبات اللازمة لنقل المرضى المنومين للعلاج فيها إلى مؤسسات أخرى قبل الإغلاق)، وسحب الترخيص على أن لا يجوز لصاحب الترخيص التقدم بطلب ترخيص جديد إلا بعد مضي سنتين على الأقل من تاريخ تنفيذ قرار السحب. وشددت اللائحة على ضرورة الحصول على تراخيص إضافية في حال إضافة أي تخصص صحي في المؤسسة الصحية، وحصول الكادر الطبي على تسجيل إضافي لهذا التخصص من الهيئة السعودية للتخصصات الصحية، وترخيص إضافي من وزارة الصحة، وتشمل هذه التخصصات المعالجة بالليزر، وجراحة المناظير، ومناظير الباطنية والجهاز الهضمي لغير استشاري أمراض الجهاز الهضمي، وزراعة الشعر، وزراعة الأسنان، والتشخيص بالموجات فوق الصوتية لغير أطباء الأشعة، والتشخيص بالموجات فوق الصوتية لأطباء النساء والولادة، والتشخيص والتحليل الكهربائي الفيزيائي للقلب. وبخصوص الرسوم التي يتوجب على مقدم الترخيص لافتتاح مؤسسة صحية دفعها، فإنها شملت خمسة آلاف ريال للمستشفى التي تحتوى 50 سريراً فأقل، و10 آلاف ريال للمستشفى التي تحتوى على 51 سريراً إلى 100 سرير، و15 ألف ريال للمستشفى التي تحتوى على أكثر من 100 سرير، علاوة على ألف ريال رسوم لافتتاح العيادة أو مركز الأشعة ومراكز خدمات النقل الإسعافي ومراكز الخدمة الصحية المساندة، و2000 ريال لافتتاح المجمع الطبي أو المختبر الطبي أو مركز جراحة اليوم الواحد.
