أوقفت جامعة أم القرى أكثر من 80 رسالة ماجستير ودكتوراه في مختلف الأقسام، بسبب عدم تسديد رسوم التعليم الموازي، الأمر الذي أدى إلى تذمر الكثيرين من طلاب الدراسات العليا لتناقضه مع توجيهات خادم الحرمين بتسديد رسوم التعليم الموازي في كافة الجامعات. وقال الطلاب: "إن الرسوم المفروضة على الدراسات العليا تتراوح بين 15 و 18 ألف ريال، وهي عالية جداً، ومبالَغ فيها، وفوق طاقتنا، فمنا مَنْ لم يلتحق بعمل بعد، أو لديه التزامات أسَرية ومعيشية، ومن تزوج ويعول أسرة". وأضاف عدد منهم أنهم تقدموا لاستكمال الدراسات العليا بناء على القرار الملكي بالتكفل بقيمة مصاريف الدراسات العليا في "التعليم الموازي" بداية من عام 1428ه. وأوضح الطلاب أن الرسوم لم تُعِدها لهم الجامعة حتى الآن. مطالبين مدير الجامعة بالاستجابة لمطالبهم وإعادة الرسوم إليهم، لأن الكثيرين منهم اقترضوها من أقارب وأصدقاء، ومعظمهم في بداية حياتهم، ومنهم من لا عمل له، أو أن راتبه يكاد يكفيهم أسَرياً. وقال طالب ماجستير الموازي عطية بن عبدالله: "لقد تعبنا من مماطلة الجامعة ومواعيدها المتتالية في تأخير دفع كامل الرسوم، فأتمنى من الدكتور العساس الذي تولى إدارة الجامعة مؤخراً توضيح وجهة نظر الجامعة حول الموضوع الذي بدأ يؤثر سلباً في علاقة الجامعة بأبنائها طلاب وطالبات التعليم الموازي". وأشار إلى أنهم بعد أن تقدموا للقبول في الماجستير المسائي "المدفوع" بعد أن أغلقت في وجوههم أبواب القبول الصباحي المجاني "أجبروا جميع المرشحين للمقابلة الشخصية على دفع رسوم سنة كاملة، قدرها 18000 ريال، رغم أن الجامعات الأخرى مثل جامعة الملك عبدالعزيز وقعت الطلاب على تعهدات بدفع الرسوم في حالة عدم شمولهم بالمكرمة الملكية". وأوضح محمد الشيخي: "الكل يعلم بالأمر السامي القاضي بتحمل الدولة تكاليف الدراسة ببرنامج التعليم الموازي في الجامعات السعودية، ورأينا العديد من الجامعات السعودية تبادر بتنفيذه وتعيد إلى الطلاب الرسوم التي تم تحصيلها مسبقاً، ماعدا جامعة أم القرى التي نرجو من المسؤولين فيها سرعة المبادرة إلى تنفيذ هذا الأمر السامي دون قيود أو شروط". وقال طالب بقسم التربية الإسلامية والمقارنة: "لقد شملتنا المكرمة الملكية لكننا لم نسلم من العقبات التي نفاجأ بها بين حين وآخر، فبعد مداولات ومراجعات على مدى عام كامل، فاجأتنا الجامعة بصرف نصف المبلغ وقدره تسعة آلاف ريال والباقي مؤجل إلى أجل غير مسمى.. كأن الجامعة تطالبنا كأفراد ذوي دخل محدود بدفع الرسوم كاملة وهي على كثرة مواردها وميزانيتها عاجزة عن إعادة المبلغ كاملاً". وكان وزير التعليم العالي الدكتور خالد العنقري قد قال في حوار صحفي: إن على الجامعات إعادة رسوم التعليم الموازي سواء للبكالوريوس أو الماجستير أو الدكتوراه، للطلاب.
