في السادس عشر من رمضان من 1400ه صدر أول نظام يؤطر عمل هيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر حيث أكدت المادة الأولى أن الهيئة جهاز مستقل يرتبِط مباشرة برئيس مجلس الوزراء وتتبعه جميع هيئات الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر القائمة وقت صدور هذا النظام أو التي ستنشأ فيما بعد. وأكدت المادة الثالثة من النظام على أن ينشأ في كل منطقة هيئة فرعية للأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، يصدر بتشكيلها قرار من الرئيس العام، يتضمن تعيين مشرف عام ومساعد لمعاونة المشرف العام والنيابة عنه حال غيابه أو شغر وظيفته، ويلحق بها العدد الكافي من الأعضاء والموظفين والإداريين والمستخدمين، ويفتح بها العدد الكافي من المراكز في كل مدينة وقرية. وبحسب المادة الرابعة التي طرأ عليها تغييرات فيما بعد بقرارات سامية فإن للرئيس العام لهيئة الأمر بالمعروف أن يشكل من بين أعضاء الهيئة ومن المحققين الشرعيين لجانا تتولى التحقيق في القضايا والمخالفات المحرمة الخاصة بالقضايا التي ستحال للمحاكم الشرعية، القضايا الأخلاقية وقضايا التهم وتحديد نوع العقوبة وهي: أخذ التعهد، التوبيخ، التأديب بالجلد، وبحد أعلى خمسة عشر سوطا أو عقوبة الحبس لمدة أقصاها ثلاثة أيام، يتولى المشرفون في المناطق والمسؤولون في المراكز التأديب بما نص عليه في الفقرة (2) بعد موافقة الأمير على الجلد والحبس، فإن رأى الموافقة فتعاد للهيئة بالموافقة لإجراء التأديب من قبل الهيئة، أما إن رأى الأمير إحالتها للشرع فإنها تحال، ومتى صدر حكم القاضي فيها أعيدت للهيئة للتنفيذ. وحددت المادة التاسعة واجبات الهيئة في المدن والقرى والتي تتلخص في الآتي إرشاد الناس ونصحهم لاتباع الواجبات الدينية المقررة في الشريعة الإسلامية وحمل الناس على أدائها، وكذلك النهي عن المنكر بما يحول دون ارتكاب المحرمات والممنوعات شرعا أو إتباع العادات والتقاليد السيئة أو البدع المنكرة، ولها في سبيل ذلك كله اتخاذ الإجراءات وتوقيع العقوبات المنصوص عليها في هذا النظام. وتضمنت المواد العاشرة والحادية عشر والثانية عشر واجبات ومسؤوليات الهيئة وهي القيام بواجب الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر بكل حزم وعزم مستندة إلى ما ورد في كتاب الله وسنة رسوله ومقتدين بسيرته – صلى الله عليه وسلم – وخلفائه الراشدين من بعده والأئمة المصلحين في تحديد الواجِبات والممنوعات، وطرق إنكارها وأخذ الناس بالتي هي أحسن، مع استهداف المقاصد الشرعية في إصلاحهم. وتقوم هيئات الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر بضبط مرتكبي المحرمات أو المتهمين بذلك، أو المتهاونين بواجبات الشريعة الإسلامية والتحقيق معهم، على أن يشترك في التحقيق مندوب من الإمارة المختصة، في الأمور المهِمة التي تحدد بالاتفاق بين كل من وزير الداخلية والرئيس العام لهيئة الأمر بالمعروف، كما أعطت للهيئة الحق في المشاركة في مراقبة الممنوعات مما له تأثير على العقائد أو السلوك أو الآداب العامة مع الجهات المختصة وطبقا للأوامر والتعليمات، وتحدد اللائحة كيفية مشاركة الهيئة في المراقبة.
