تحققت رغبة الوالد في أن يكون ابنه له شأن عظيم في قراءة وتلاوة القرآن، فدفع بابنه محمد أيوب إلى الشيخ خليل قارئ ليحفظ على يدية كتاب الله، وأوصاه به ليأخذ التلاوة على يديه تلقينا، من هنا جاء تميز الدكتور محمد أيوب محمد يوسف (إمام المسجد النبوي سابقا، والإمام الحالي في مسجد حسن الشاعر في المدينةالمنورة) في التلاوة الحجازية بصوت جميل وشجي، التي سجل بها المصحف كاملا في مجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف، إضافة إلى دراسته على الشيخ زكي داغستاني في الابتدائية في مكةالمكرمة، التي ولد فيها عام 1372ه. ويقول الدكتور محمد أيوب عن تلك الفترة: «التحقت بجماعة تحفيظ القرآن الكريم في مكةالمكرمة في مسجد ابن لادن عندما كنت في الصف الرابع الابتدائي، وكان يدرسنا الشيخ خليل قارئ، الذي بذل معي جهدا كبيرا، لأنه اكتشف أنني حريص على قراءة القرآن وحفظه وتجويده، واستمررت معه نحو 11 شهرا، وأنهيت خلالها حفظ القرآن، وكان عمري في حدود 12 عاما، ثم انتقلت إلى المدينةالمنورة».. من حسن حظ الشيخ محمد أيوب أن قسما لجمعية تحفيظ القرآن الكريم افتتح في المدينة فانتقل شيخه خليل قارئ إلى المدنية ليكون في القسم ومديرا لمعهد القرآن الكريم. نال عدة إجازات في حفظ القرآن الكريم برواية حفص عن عاصم من عدة مشايخ، أمثال: أحمد الزيات، خليل قارئ، حسن الشاعر. وتتلمذ الشيخ محمد أيوب على يدي العديد من المشايخ والعلماء في المدينة، فدرس عليهم التفسير وعلوم، الفقه على المذاهب الأربعة، الحديث وعلومه ومصطلحه، أصول الفقه، ومن مشايخه: محمد عثمان، محمد سيد طنطاوي، أكرم ضياء العمري، محمد الأمين الشنقيطي، عبد المحسن العباد، عبد الله الغنيمان، أبو الجزائري. يروي محمد أيوب قصة تعيينه إماما في الحرم المدني: «حينما كنت إماما في مسجد قباء سمع عني الشيخ عبد العزيز بن صالح (إمام وخطيب المسجد النبوي الراحل) بأن هناك شيخا يدعى محمد أيوب يتميز بصوت حسن وأداء مميز، فطلب من ابنه أن يحضرني لمجلسه، فحينما وصلت إليه طلب مني الشيخ ابن صالح أن أتلو بعض الآيات، فما أن استمع إلى قراءتي حتى أعجب بها، فقال لي: هل تستطيع أن تصلي بالناس في الحرم المدني صلاة التراويح، وكان ذلك في أواخر أيام شهر شعبان، فوافقت على ذلك فصدر القرار الحكومي بتعييني إماما مكلفا في الحرم المدني1410ه، وصليت صلاة التراويح كاملة لوحدي في تلك السنة عدا ثلاثة أيام من رمضان، وقد كان شيخي الشيخ خليل قارئ في تلك السنة في خارج البلاد، فكان يستمع إلى قراءتي عن طريق المذياع ويتصل بي يوميا ويدعو لي». له اهتمامه بالدعوة وأساليبها، له العديد من الرؤى والأقوال الرائدة حولها؛ من ذلك ما يؤكده أن «الدعوة إلى الله عز وجل ليست مسؤولية سهلة بل جسيمة، وينبغي على من أكرمه الله عز وجل بحفظ كتابه أن يبذلك الجهد في تحمل المسؤولية، وعلى الداعية أن يختار الأسلوب الحسن، ويبتعد عن الأمور التي تنفر الناس عن الدين، فقد جعل الله هذا الدين يسرا، فالرسول الأكرم صلى الله عليه وسلم أوصانا بالتيسير لا بالتعسير»، «القرآن الكريم هو أساس الدعوة الإسلامية، وإذا أكرم الله عبده بحفظ كتابه فأول مسؤولية يتعين عليه القيام بها الدعوة إلى الله سبحانه وتعالى، وأن هذه المسؤولية لا يمكن أن يشعر بلذتها إلا بعد أن يتدبر الكتاب العزيز، ويبذل أقصى ما في وسعه من جهد في سبيل العمل بهذا الكتاب». محمد أيوب في سطور يعمل أستاذ قسم التفسير في كلية القرآن الكريم في الجامعة الإسلامية في المدينة. نال الدكتوراة عام 1408ه من كلية الشريعة في الجامعة الإسلامية، في أطروحته «مرويات سعيد بن جبير في التفسير من أول سورة يونس إلى آخر القرآن». نال الماجستير من كلية القرآن الكريم في الجامعة الإسلامية، في أطروحته «سعيد بن جبير ومروياته في التفسير، من أول القرآن إلى آخر سورة التوبة». تخرج من كلية الشريعة في الجامعة الإسلامية عام 1396ه. نشأ نشأة قرآنية، وحفظ القرآن وهو ما زال صبيا عام 1385ه، وكان تلقيه للقرآن في جامع بن لادن في حي الحفاير في مكةالمكرمة. عين إماما للمسجد النبوي عام 1410ه. عضو في اللجنة العلمية في مجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف.
