وجه زعيم تنظيم القاعدة، أيمن الظواهري، "نداء عاجلا" إلى الجماعات التي وصفها ب"الجهادية" في سوريا، طالبا منها وقف المعارك الدائرة بينها والتركيز على قتال النظام "العلماني الطائفي" على حد تعبيره، معتبرا أن أنباء المواجهات بين الجماعات "أدمت القلوب" ورفض تكفير الجماعات الجهادية، وحص على تشكيل "هيئة تحكيم شرعية." وقال الظواهري، في الرسالة الصوتية التي عرضتها مواقع على صلة بتنظيم القاعدة ولم تتمكن CNN من تأكيد صحتها بشكل مستقل، والتي تأتي بعد أسابيع على بدء المواجهات بين تنظيم "الدولة الإسلامية في العراق والشام" وتشكيلات إسلامية وأخرى تابعة للجيش الحر، إن "وحدة المجاهدين" أهم من الروابط الحزبية. وتابع الظواهري بالقول إن الرسالة موجهة إلى "مجاهدي الإسلام وليوث الجهاد من كل المجموعات الجهادية من شام الرباط والجهاد والفتح" وأضاف: "تعلمون أني وإخواني في قاعدة الجهاد نكن لكم جميعا بكل حب احترام وننظر إليكم على أنكم أمل الأمة في إقامة الحكومة المسلمة في شام الرباط والجهاد وأنكم بشرى تحرير بيت المقدس وأن جهادكم المبارك خطوة على طريق إعادة الخلافة الراشدة على منهاج النبوة قريبا بعون الله." وأكد الظواهري أن الرسائل التي كان قد بعثها في السابق "لا تفرّق بين مجاهد ومجاهد" مضيفا: "أخوة الإسلام التي بيننا أقوى من كل الروابط التنظيمية ووحدتكم أعز عندنا من أي رابطة تنظيمية وهي تعلو فوق العصبية الحزبية بل يضحى بها دون تردد بتلك الروابط الحزبية إذا تعارضت مع وحدتكم بمواجهة عدوكم العلماني الطائفي الذي تدعمه القوى الرافضية الصفوية وروسيا والصين وبتواطؤ من الحملة الصليبية المعاصرة." وتابع الظواهري، مؤكدا رفض "مس حرمة مسلم أو مجاهد" أو أن "تلزق به تهم الكفر والردة،" مضيفا: "التنظيمات الجهادية في الشام هم إخواننا الذين لا نقبل أن يوصفوا بالردة والكفر والمروق. وتعلمون أننا دعونا وندعو وسنظل الجميع إلى السعي لإقامة الحكومة المسلمة في شام الرباط واختيار من يرضونه ممن تتوفر فيه الشروط الشرعية حاكما لهم وأن من يختارونه هو اختيارنا وأننا لا نرضى أن يفرض أحد نفسه عليهم لأننا نسعى لإعادة الخلافة الراشدة." واعتبر الظواهري في التسجيل الذي يمتد لأكثر من خمس دقائق أن ما وصفها ب"فتنة القتال التي استشرت بين مجاهدي الإسلام" على حد قوله قد "أدمت قلوبنا وقلوب الأمة" موجها الدعوى إلى "كل المجموعات الجهادية وعلماء الدين وفضلاء أهل الشام ومشايخ القبائل والصحفيين والإعلاميين والكتاب وكل حر شريف يسعى لإسقاط حكم الأسد العلماني الطائفي المجرم وإقامة الحكومة المسلمة" إلى السعي ل"إيقاف هذه الفتنة التي لا يعلم إلا الله نهايتها." وختم الظواهري رسالته الخميس بالدعوة إلى تأسيس هيئة تحكيم شرعية تفصل بين المجموعات المختلفة وتشكيل آلية لإلزام الجميع بأحكامها، في رد غير مباشر منه على "الدولة الإسلامية في العراق والشام" التي سبق لها تكفير الجماعات المعادية لها ورفض الاحتكام إلى هيئات شرعية ليست من اختيارها. يشار إلى أن الظواهري كان قد رفض مشروع الفرع العراقي من تنظيم القاعدة لتشكيل ما يعرف اليوم ب"الدولة الإسلامية في العراق والشام" وتنصيب أبو بكر البغدادي قائدا عليه، وطلب إبقاء البغدادي قائدا للفرع العراقي على أن تتولى "جبهة النصرة" بقيادة أبومحمد الجولاني العمل بسوريا، وقد رفض البغدادي القرار، وهاجمت وحداته عدة كتائب تابعة للمعارضة السورية، ما أدى إلى تفجر مواجهات مستمرة منذ أسابيع أدت إلى سقوط مئات القتلى والجرحى.
