كشفت المؤسسة العامة للحبوب في تقريرها السنوي للعام المالي 1436/1437 عن الصعوبات والمعوقات التي تواجهها في تطبيق اللوائح المالية على نظامها، والمحافظة على موظفيها السعوديين، منها عدم وجود حوافز للعمل بنظام الورديات تضمن للعاملين الاستقرار الوظيفي، مثل التأمين الطبي، وبدل عمل الورديات، كما هو معمول به في القطاعات الصناعية المشابهة، مما يؤدي إلى تسرب الكفاءات ذات الخبرات الجيدة إلى قطاعات أخرى. شددت المؤسسة العامة للحبوب على أهمية تقنين استهلاك سلعة الدقيق، واستعادة الدعم من السلع التي يتم تصديرها للخارج، بالإضافة إلى أهمية تطبيق اللوائح على نظام المؤسسة، وذلك بعد تصدير مستثمرين منتجات تحتوي على الدقيق المدعوم المخصص للمواطنين إلى الخارج. وكشفت المؤسسة في تقريرها السنوي للعام المالي 1436/1437، عن الصعوبات التي تعاني منها في تطبيق اللوائح على نظامها، وصعوبة المحافظة على موظفيها السعوديين ذوي الخبرة في مجال المطاحن والمختبرات وصناعة الأعلاف نتيجة عدم تطبيق اللوائح المالية على منسوبيها. نظام الورديات أشار البند الرابع في التقرير إلى الصعوبات والمعوقات التي تراها المؤسسة، إذ إن العمل بنظام الورديات دون وجود أي حوافز تضمن لهم الاستقرار الوظيفي مثل تأمين طبي وبدل عمل ورديات، كما هو معمول به في القطاعات الصناعية المشابهة لعمل المؤسسة يؤدي إلى تسرب الكفاءات الفنية ذات الخبرات الجيدة إلى قطاعات أخرى. وأضافت المؤسسة حول أهمية تقنين استهلاك سلعة الدقيق، قائلة: «نتيجة لانخفاض أسعار الدقيق الأمر الذي أدى إلى التوسع في مجال المخابز والصناعات الغذائية وما صاحب ذلك من المبالغة في الإنتاج، إضافة إلى قيام المستثمرين بتصدير المنتجات التي تستخدم الدقيق في إنتاجها إلى الخارج، رغم أن الدعم مخصص للمواطن، وبالتالي فإن المؤسسة تتطلع كمرحلة أولى إلى استعادة الدعم من السلع التي يتم تصديرها ويدخل الدقيق في إنتاجها، وكذلك رفع كفاءة منظومة الدعم الموجه لسلعة الدقيق، لضمان تقنين الاستهلاك». وحققت المؤسسة 12 منجزاً خلال العام المالي 1436- 1437، أبرزها تحقيق الخطة التشغيلية السنوية لمطاحن الدقيق بفروع المؤسسة بنسبة %97.