اهتم المغفور له الأمير نايف بالجامعات السعودية، فأنشأ ورعى عدداً من الكراسي العلمية التي تعكس نظرته الثاقبة لمكانة التعليم في تنمية المجتمع السعودي. عميد كلية التربية والمشرف على كرسي الأمير نايف بن عبدالعزيز للقيم الأخلاقية ومدير مركز الأمير نايف بن عبدالعزيز للبحوث الاجتماعية والإنسانية بجامعة الملك عبدالعزيز الدكتور سعيد أحمد الأفندي قال «إن فقد صاحب السمو الملكي الأمير نايف يعد من المصاب الجلل ومن الخطب العظيم على بلادنا وامتنا العربية والإسلامية، فقد كان رحمه الله تعالى رجل دولة وسياسة اجتمع فيه من الإخلاص لدينه، والولاء لمليكه، والاهتمام بشعبه ووطنه، والحرص على أمتيه الإسلامية والعربية ما لا يتوفر في غيره – ولا نزكيه على الله تعالى- ولعل من حسناته ومآثره التي لاتعد إنشاء ودعم كرسي الأمير نايف بن عبد العزيز للقيم الأخلاقية بجامعة الملك عبد العزيز سعياً منه –رحمه الله- إلى نشر القيم الأخلاقية وتعزيزها في المجتمع السعودي،وتعريف العالم من حولنا بقيمنا الإسلامية الرفيعة، وكذلك دعمه للبحوث الاجتماعية والإنسانية كأحد أهم السبل لحل مشكلات المجتمع السعودي وتقديم الحلول لها مما أفرز مركز الأمير نايف بن عبد العزيز للبحوث الاجتماعية والإنسانية بجامعة الملك عبد العزيز أيضاً. ومن خلال عملي في الإشراف على كرسي سموه للقيم الأخلاقية وإدارة مركز الأمير نايف بن عبدالعزيز للبحوث الاجتماعية والإنسانية لمست غيرة سموه على دينه وشباب وطنه حيث كان يبادر بالتوجيه الكريم والمتابعة المباشرة وإصدار التعاميم لتشجيع الأعمال الخيرية والإنسانية والاجتماعية في المجتمع، وتشجيع البحث العلمي من خلال دعم جائزة سموه للسنة النبوية، كما كان –رحمه الله- يحذر من الظواهر السلبية لدى الشباب والمجتمع ويوجه بالتصدي لها ،أذكر منها على المثال لا الحصر أوامره – رحمه الله- لكل الجهات المعنية بتفعيل التوصيات للمؤتمرات واللقاءات التي تنفع الأمة في سائر المناحي وخصوصا الشباب، وكذلك رفضه –رحمه الله – لظهور الشباب السعودي في بعض البرامج التليفزيونية والفضائية التي تخالف مبادئ الشريعة الإسلامية والتقاليد العربية السعودية،وكان من حزمه -رحمه الله- أنه بذل الوسع واستفرغ الطاقة في مجاهدة الإرهاب والإرهابيين – دعوة ونصحا وترغيبا ومقاومة حتى رد المغرر بهم إلى الصواب واستأصل شأفة المحاربين منهم وسط إعجاب العالم وتقديره واحترامه. كراسي الأمير نايف البحثية كان الهدف من إنشاء كرسي الأمير نايف لدراسات الوحدة الوطنية في جامعة الإمام لتحقيق البيئة الملائمة للبحث والتطوير، وربط مخرجات البحث العلمي في الجامعة بحاجات المجتمع، والتركيز على الشراكة بين الجامعة والجهات الحكومية والأهلية وغير الربحية المحلية والدولية، وتوفير المصادر المالية اللازمة لدعم البحث العلمي في الجامعة، وإثراء المكانة العلمية والبحثية للمملكة على المستوى العالمي. أما كرسي الأمير نايف لدراسات الأمن الفكري في جامعة الملك سعود، فيهدف إلى إنجاز دراسات علمية حول الظواهر والممارسات المنافية لمفهوم الأمن الفكري، وتقديم حلول عملية قابلة للتطبيق لمعالجة الأفكار المنحرفة، وتقويم الدراسات والمشروعات والبرامج المتصلة بالأمن الفكري. بينما يهدف كرسي الأمير نايف لدراسات الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر في الجامعة الإسلامية في المدينةالمنورة إلى تنمية البحث العلمي في مجال الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، وتشجيع الكفاءات العلمية في إعداد الدراسات العلمية والنظرية والتطبيقية في مجاله، وتدريب الكوادر المعنية بإقامة الشعيرة وتطوير قدراتهم، وتأسيس تجمع بحثي للمهتمين بهذه الشعيرة وتنمية جيل من الباحثين وطلاب الدراسات العليا في هذا المجال. ويركز كرسي الأمير نايف لدراسة إسكان الحجاج بمكةالمكرمةوالمدينةالمنورة والمشاعر المقدسة، ومقره في معهد خادم الحرمين الشريفين لأبحاث الحج في جامعة أم القرى، ببحث ودراسة آليات تطوير إسكان الحجاج، كونها أبرز القضايا المعاصرة في الحج، وتشتمل بحوثه على مرتكزين أساسيين، الأول: إسكان الحجاج في مكةالمكرمةوالمدينةالمنورة، والثاني: إسكان الحجاج في المشاعر المقدسة. ولا ننسى كرسي الأمير نايف بن عبدالعزيز للوقاية من المخدرات في جامعة الإمام، وكرسي الأمير نايف لتنمية الشباب في جامعة الأمير محمد بن فهد في المنطقة الشرقية، إضافة إلى مركز الأمير نايف بن عبدالعزيز العالمي للثقافة والعلوم في جامعة الملك فهد للبترول والمعادن في المنطقة الشرقية، إلى جانب قسم الأمير نايف بن عبد العزيز للدراسات الإسلامية واللغة العربية في جامعة موسكو بجمهورية روسيا الاتحادية.
