على الرغم من صعوبة الاستعداد للموسم الرياضي 2020 / 2021 في ظل جائحة فيروس كورونا، تمكنت إدارة الخلود وعضو الشرف الداعم الأول محمد الخليفة من تجاوز كل العقبات وتمكنوا من التعاقد مع جهاز فني تونسي شاب يخوض أولى تجاربه على الملاعب السعودية بقيادة الكابتن أحمد الدريدي صاحب السيرة الذاتية المحترمة ودعمت الفريق بالمحترفين التونسي عبدالله بن رباح والموريتاني محمد سالم مع تواجد المحترف التشادي (مواليد) أحمد زين منذ الموسم الرياضي المنصرم. أيضا على صعيد اللاعبين السعوديين تعاقدت إدارة النادي برئاسة صالح الخليفة مع العديد من المميزين في فترة الانتقالات الصيفية لتدعيم صفوف فخر الرس على رأسهم النجم سلطان الشهري ومبدع خط المنتصف سعد الدوسري والشاب نواف الدغمي. الفريق ابتدا مشوار الموسم بالخسارة من فريق النجمة 2/3 ولكنها لم تكن سوى مهر الانطلاقة الحقيقية نحو المنافسة في المجموعة B من دوري الدرجة الثانية، الفريق اختتم الدور الأول في المركز الخامس برصيد 22 نقطة من 7 انتصارات و5 خسائر وتعادل وحيد. في الدور الثاني تعاقدت إدارة النادي مع العديد من التدعيمات الهامة للفريق كان أبرزهم النجم أحمد الرشيدي والظهير حاتم الشمري والجناح يحيى خرمي ، الخلود استطاع في الدور الثاني من الاقتراب أكثر فأكثر نحو المراكز المؤهلة لدوري الأمير محمد بن سلمان للمحترفين (الدرجة الأولى) خاصة في الثلث الأخير حين اقتصرت المنافسة على فخر الرس والعروبة والوشم. أصعب مراحل الموسم التي عاشها الخلوديون كانت حين تلقى نجومهم خسارتين متتاليتين في الجولتين 19-20 من الوشم ووج ، لكن قدرة إدارة النادي والجهاز الفني على السيطرة على الفريق ورفع روحهم المعنوية كانت كفيلة بجعل تلك اللحظات هي الوقود الحقيقي نحو تحقيق الحلم الذي طال انتظاره بصعود الفريق للمرة الأولى في تاريخه نحو الدرجة الأولى. الفريق استطاع التغلب في الجولة 21 على الشرق بهدفين نظيفين ثم تعادل مع الرياض سلبيا قبل أن ينتصر على الترجي 2/0 وحطين 1/0 ويتعادل 2/2 مع المجزل في الجولة 25. في الجولة الأخيرة استطاع نجوم الخلود فخر الرس من الانتصار على مضيفهم الذهب بالمدينة المنورة بثلاثية تاريخية أعلنت صعود الفريق نحو دوري محمد بن سلمان بعد أن حقق المركز الثاني في المجموعة برصيد 48 نقطة جمعها عبر الانتصار 15 مباراة والتعادل في 3 مباريات. استطاع دفاع الفريق وحارسه حماية مرماهم أكثر من أي فريق آخر في دوري الدرجة الثانية، حيث لم يستقبل الخلود سوى 22 هدفا فقط خلال 27 مباراة ، وتمكن حارس الفريق المبدع (فارس الحجوري) وزملاءه المدافعين من تحقيق 12 مهمة « كلين شيت « في 12 مباراة لم تستقبل شباكهم فيها أي هدف، وحصل مهاجم الفريق الموريتاني الشاب (محمد سالم) على لقب « هداف دوري الدرجة الثانية « بعد أن سجل 22 هدفا في أولى مواسمه بالبطولات السعودية، ونجح الخلود في الانتصار خلال 16 مباراة وتعادل في 3 مباريات فيما خسر 8، خلال مشوار تخلله 27 مواجهة، وتمكن نجوم الخلود فخر الرس من الانتصار ذهابا وإيابا على متصدر المجموعة العروبة وعفيف والذهب.
