نددت المنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة «الإيسيسكو»، بقرار الرئيس الأميركي دونالد ترمب. وشددت الأمانة العامة لدور وهيئات الإفتاء في العالم على أن هذا القرار يؤجج الصراعات والحروب الدينية في المنطقة ويدخل المنطقة في مزيد من الفوضى والنزاعات التي لا تنتهي. بدوره، دعا شيخ الأزهر الشريف د. أحمد الطيب، جموع العالم الإسلامي في شتى بقاع الأرض، بأن تكون خطبة الجمعة عن القدس الشريف والعمل على نصرته ورفض أي محاولة لتغيير هويته العربية، والتأكيد على حقوق العرب والفلسطينيين التي أقرتها جميع المواثيق والأعراف الدولية. وأكد مفتي مصر د. شوقي علام دعم مصر ودار الإفتاء المصرية الكامل للأشقاء الفلسطينيين في هذه الظروف الاستثنائية التي تمر بها القضية الفلسطينية، جاء ذلك خلال اتصال هاتفي أجراه د. علام مع المفتي العام للقدس والديار الفلسطينية الشيخ محمد حسين. وقال رئيس هيئة علماء السودان د. محمد عثمان صالح: إن الخطوة الأميركية صادمة لجميع مسلمي وأحرار العالم، وتشكل اعتداءً صارخاً على حقوق الفلسطينيين والمسلمين عامة. ورفضت هيئة علماء المسلمين في العراق قرار الولاياتالمتحدة، مشددة على عروبة القدس وفلسطين وأن المساس بها يعد أمراً فاضحاً وخطيراً بحق القدس والمقدسات. وعبر رئيس مجلس علماء باكستان الشيخ د. طاهر محمود الأشرفي عن استنكاره الشديد للقرار، داعياً إلى تصحيح الوضع وتحرك الدول العربية والإسلامية للتعبير عن موقف جماعي إزاء القرار. واستنكر المجلس العلمي للعلماء والباحثين الإسلاميين في إسبانيا القرار لما يمثله من اعتداء صارخ على العرب والمسلمين. كما نددت رابطة الجامعات الإسلامية بالقرار التصعيدي الذي يتعارض مع الأعراف الدولية ويرفضه القانون الدولي. وفي ذات السياق، أعربت الكنيسة القبطية الأرثوذكسية وعلى رأسها البابا تواضروس الثاني عن قلقها البالغ من هذا القرار الذي يتعارض مع كافة المواثيق الدولية بشأن القدس. وحذرت الكنيسة، من أن هذا الأمر سيؤدي إلى نشوء مخاطر كبيرة تؤثر سلباً على استقرار منطقة الشرق الأوسط بل والعالم ككل. ودعت إلى ضرورة الحفاظ على الوضع القانوني للقدس في إطار المرجعيات الدولية والقرارات الأممية في هذا الشأن، مؤكدة وقوفها في صف الجهود الرامية إلى دفع عجلة السلام. وطالبت الكنيسة بالسير في طريق التفاوض كسبيل أمثل لإقرار الوضع العادل الذي يتوافق مع الحق التاريخي لمدينة القدس وبلوغ حل عادل وسلام شامل.
