ظلت جماعة الإخوان المسلمين «صداعًا» مزمنًا في رأس كل الأنظمة التي حكمت مصر، منذ نشأتها في الإسماعيلية على يد مؤسسها الشيخ حسن البنا عام 1928، كجمعية دينية تهدف إلى التمسك بالدين وأخلاقياته، وفي عام 1932م انتقل نشاط الجماعة إلى القاهرة، ولم تنخرط في العمل السياسي إلا في عام 1938، بعد أن اتفقت مع حزب مصر الفتاة في رفض الدستور والنظام النيابي على أساس أن دستور الأمة هو القرآن كما أبرزت الجماعة مفهوم القومية الإسلامية كبديل للقومية المصرية. ومنذ البداية رفض حسن البنا رفضا باتا الحزبية وأعلن عداءه للأحزاب السياسية إذ اعتبرها نتاج أنظمة مستوردة ولا تتلاءم مع البيئة المصرية ووصفت جريدة (النذير) الأحزاب المصرية بأنها أحزاب الشيطان مؤكدة على أنه لا حزبية في الإسلام في حين أعلن الإخوان ولاءهم وأملهم في «ملك مصر المسلم» ونجح علي ماهر باشا والشيخ المراغي في توطيد العلاقة بين القصر والجماعة التي استمرت حتى نهاية الحرب العالمية الثانية عندما بدأ الملك يخشى من سطوة هذه الجماعة نتيجة الأعداد الكبيرة التي انضمت إليها والتي أصبحت تنافس شعبية الوفد وقوة الأسلحة التي استخدمتها الجماعة أثناء حرب فلسطين مما أقلق الملك فاروق لذا أيد سياسة النقراشي الرامية إلى حل الجماعة والآن وبعد ثورة 25 يناير تبدو الجماعة وكأنها خالفت مرشدها ومؤسسها, وشكلت حزبا سياسيا وبات الحزب الحاكم بعد حصوله على 42 % من مقاعد مجلس الشعب في الانتخابات التي جرت بعد الثورة. صدام عبدالناصر بعد ثورة 1952 طالبت الجماعة الرئيس الراحل عبدالناصر بالمشاركة في السلطة اعتمادا على اعداد الضباط الاحرار التابعين للجماعة ولكن الرئيس رفض تدخل الجماعة في السلطة وتأزمت العلاقة بينهما، واصطدم الرئيس جمال عبدالناصر بالإخوان صداما شديدا نتيجة لمطالبة الإخوان لضباط الثورة العودة للثكنات وإعادة الحياة النيابية للبلاد، مما أدى إلى اعتقال عدد كبير منهم بعد محاولة أحد المنتمين إلى الجماعة اغتيال عبدالناصر في ميدان المنشية بالإسكندرية في 26 أكتوبر 1954، ما أدى لإصابة بعض الحضور بينهم وزير سوداني، وتعتبر جماعة الإخوان المسلمين محظورة منذ ذاك العام، إلا أن السلطات تتسامح مع نشاط لها «في حدود. وفي 1964، قام جمال عبدالناصر باعتقال من تم الافراج عنهم من الإخوان مرة أخرى، وبالأخص سيد قطب وغيره من قيادات الإخوان، بدعوى اكتشاف مؤامرتهم لاغتياله وأعدم سيد قطب مفكر الجماعة في عام 1966 ومعه خمسة من قيادات الإخوان وذاق الإخوان خلال تلك الفترة التنكيل والتعذيب داخل السجون. السادات والجماعة تعهد الرئيس الراحل انور السادات بتبني سياسة مصالحة مع القوى السياسية المصرية فتم إغلاق السجون والمعتقلات، واجرى إصلاحات سياسية مما بعث بالطمأنينة في نفوس الإخوان وغيرهم من القوى السياسية المصرية تعززت بعد حرب أكتوبر 1973 حيث أعطى السادات لهم مساحة من الحرية لم تستمر طويلًا ولا سيما بعد تبنيه سياسات الانفتاح الاقتصادي، وبعد إبرامه معاهدة السلام مع إسرائيل في عام 1977، شهدت مصر في تلك الفترة حركات معارضة شديدة لسياسات السادات حتى تم اعتقال عدد كبير من الإخوان والقوى السياسية الأخرى فيما سمي إجراءات التحفظ في سبتمبر 1981. وقتل السادات اثناء احتفاله بيوم العبور على ايدي جماعات جهادية اسلامية، كانت ترفض نهجه نحو السلام. مبارك بعد اغتيال السادات في أكتوبر 1981 خلفه حسني مبارك والذي اتبع في بدايات حكمه سياسة المصالحة والمهادنة مع جميع القوى السياسية ومنهم الإخوان، وفي التسعينيات ظهرت حركات معارضة لحكم مبارك، ترفض اعتراف حكومة مبارك مثل حكومة السادات بالصلح مع إسرائيل ويذكر أن الإخوان المسلمين خاضوا الانتخابات البرلمانية الأخيرة في مصر عام 2005، ونجحوا في الحصول علي 88 مقعدا بالبرلمان رغم اتهامهم الموجه للحكومة «بأن الانتخابات شهدت تزويرا» وظلت الجماعة طوال عهد مبارك فزاعة في يده يشهرها في وجه الغرب كلما انتقد سياساته الداخلية. الخروج من السراديب بعد ثورة 25 يناير أسس الإخوان المسلمون في مصر حزب الحرية والعدالة يوم 6 يونيو 2011م وانتخب مجلس شورى الجماعة محمد مرسي رئيسا للحزب وعصام العريان نائبا له ومحمد سعد الكتاتني أمينًا عامًّا للحزب، كما تم اختيار المفكر المسيحي رفيق حبيب نائبًا لرئيس الحزب، وخاض الحزب أول انتخابات تشريعية بعد الثورة ضمن التحالف الديمقراطي من أجل مصر ونجح التحالف في الفوز بنحو 47% من مقاعد مجلس الشعب و59% من مقاعد مجلس الشورى. إلا أن المحكمة الدستورية العليا المصرية أصدرت في 14 يونيو 2012 حكمًا يقضي بعدم دستورية القانون الخاص بترشيح ثلث أعضاء البرلمان من المستقلين، مما أدى إلى حل البرلمان بالكامل اعداد الإخوان تتباين تقديرات اعداد الإخوان في مصر في غياب احصاء رسمي لهم، يقول البعض إن عددهم وصل إلى 15 مليون إخواني منهم 10 ملايين يسمون إخوانًا عاملين والخمسة ملايين الآخرين مؤيدين لأفكارها، في حين رفض المرشد العام د. محمد بديع الإفصاح عن عدد أعضاء جماعة الإخوان، واعدًا بالإعلان عنها «عندما يكون هناك سجلات يُسمح بها ولا يكون جراء تقديمها ضررا لأحد 8 مرشدين تولى مهمة المرشد للجماعة منذ نشأتها 8 مرشدين هم: 1 الشيح حسن البنا 2.حسن الهضيبي: المرشد الثاني للجماعة (1949 - 1973) 3.عمر التلمساني: المرشد الثالث للجماعة (1973 - 1986) 4.محمد حامد أبو النصر: المرشد الرابع للجماعة (1986 - 1996) 5.مصطفي مشهور: المرشد الخامس للجماعة (1996 - 2002) 6.مأمون الهضيبي: المرشد السادس للجماعة (2002 - 2004) 7.محمد مهدي عاكف: المرشد السابع للجماعة (2004 - 16 يناير 2010) 8.محمد بديع: المرشد الثامن والحالي للجماعة (16 يناير 2010 - حتى الآن)