تعد مكتبة المسجد النبوي الشريف مركزا ً من مراكز العلم بالمدينةالمنورة لا سيما وأنها تقع في قلب المسجد النبوي الشريف مما جعل لها مكانة عالية عند أهل العلم لقوله صلى الله عليه وسلم (من جاء مسجدي هذا لم يأت إلا لخير يتعلمه أو يعلمه فهو بمنزلة المجاهد في سبيل الله ومن جاء لغير ذلك فهو بمنزلة الرجل ينظر إلى متاع غيره). وجاء في كتاب (خزائن الكتب العربية) أن مكتبة المسجد النبوي تكونت قبل حريق المسجد النبوي في 13 رمضان عام 886 ه حيث احترقت خزائن المصاحف والكتب في ذلك الحريق وكانت تضم الخزائن كتباً نفيسة ومصاحف، أما في العهد السعودي فقد تأسست المكتبة عام 1352ه باقتراح من عبيد مدني حينما كان مديرا ً للأوقاف في المدينةالمنورة وكان أول مدير لها هو أحمد ياسين الخياري ويوجد في بالمكتبة بعض الكتب التي يعود تاريخ وقفها على المسجد النبوي قبل تاريخ إنشاء المكتبة مثل مكتبة الشيخ محمد عبدالعزيز الوزير التي أوقفت عام 1320ه وهي من الكتب التي أدخلت في المكتبة بعد تأسيسها وكانت هناك كتب في الروضة الشريفة على بعضها تاريخ متقدم عن تاريخ تأسيس المكتبة. وتنقسم المكتبة إلى عدة أقسام منها قسم المطالعة الخاصة بالرجال الذي يقع في الركن الشمالي الغربي من سطح المسجد النبوي والمدخل المؤدي له هو السلم الكهربائي رقم (10) وتحتوي على 300 كرسي للرواد وقاعات المطالعة الخاصة بالنساء وهي خمس قاعات ثلاث منها في مصلى النساء الشرقي بباب عثمان بن عفان رضي الله عنه رقم (24) واثنتين في المصلى الغربي باب عمر بن الخطاب رضي الله عنه باب رقم (16) وتم افتتاحها في 1416ه، والمكتبة الرقمية وتحتوي على أجهزة حاسب آلي مرتبطة بشبكة خاصة محمل عليها البرامج العلمية الحاسوبية وتشمل الكتب والمخطوطات والصوتيات الرقمية وتستعمل من قبل الباحثين للاطلاع توضع فيها الكتب المحدودة الإطلاع. وتحتوي المكتبة كذلك على قسم المجموعات الخاصة ويقع في الدور الأول والثاني من باب عثمان بن عفان رضي الله عنه عند نهاية التوسعة السعودية الأولى وهو يضم خزانة المخطوطات الأصلية (كتب ومصاحف) ومصورات ورقية وميكروفيلمية ورقمية وأجهزة تصوير من الميكروفيلم إلى ورقي وأجهزة حاسب آلي وأجهزة تعقيم وصيانة المخطوطات وطاولات عرض لعرض نماذج من المخطوطات للزائرين وصور ملتقطه مكبرة لنماذج بديعة من المخطوطات والمصاحف وقسم الكتب النادرة والدوريات ويقوم بحفظ الكتب النادرة والصور وغيرها وهناك ضوابط وضعت للكتاب حتى يحكم بأنه نادر وقسم الدوريات يضم ثلاثة آلاف دورية وقسم المكتبة الصوتية ويقع في باب (17) ويقوم بحفظ مايلقى في مكتبة المسجد النبوي من التلاوات والدروس والخطب والصلوات من الحرمين الشريفين ويبلغ محتوياته أكثر من مائة ألف ساعة صوتية مسجلة على أشرطة كاسيت وأقراص مدمجة ووسائط متعددة. كما تحتوي المكتبة على القسم الفني الذي يقع بباب رقم (9) باب الملك سعود بن عبد العزيز رحمه الله ويقوم بتجليد وترميم وتعقيم المخطوطات والكتب وتصوير بعض طلبات التصوير من كتب ومخطوطات والكتابة على الكتب المجلدة ويحتوي على عدة أقسام التجليد بأنواعه والترميم وترميم المخطوطات والكتب والطباعة الحرارية على الكتب آلياً ويدوياً والتصوير، ويقوم قسم الفهرسة والتصنيف والتزويد الذي يقع في باب (9) بالفهرسة والتصنيف وتسجيل الكتب الواردة للمكتبة في برنامج المكتبة بالحاسب الآلي وقسم التزويد الذي يقوم بتأمين الكتب الجديدة للمكتبة عن طريق الشراء ومن مهامه أيضا ً جلب الكتب الموقوفة على المكتبة حيث يقوم البعض بوقف الكتب على المكتبة ونقلها إلى المكتبة في حياته أو بوصية منه بعد موته وقسم المستودع والذي يضم الكتب المكررة الزائدة عن حاجة رواد المكتبة كما تحفظ به كميات الكتب التي توزع على المساجد والمكتبات العامة في أنحاء العالم. ويعمل قسم الحاسب الآلي على إدخال بطائق الكتب (الفهارس) في الحاسب بعد ما تم إنجاز برامج لفهرسة الكتب والمخطوطات والدوريات كما يتم به تحويل المصورات الورقية والميكروفيلمية عبر الماسح الضوئي إلى الحاسب الآلي وكذلك إدخال وحفظ التسجيلات الصوتية والمرئية في الحاسب الآلي وأيضا قسم البحث والترجمة ويتم به بحث بعض المسائل حسب الحاجة وترجمة ما يحتاج إلى ترجمة عربية من اللغات الأخرى كالإنجليزية والفرنسية والأوردو وغيرها والإطلاع على الكتب المهداة أو الموقوفة على المكتبة وإجازتها.